小基因组泛指基因组在1M以内的基因组，主要包括病毒、质粒、叶绿体、线粒体等，基于高通量测序技术，获得小基因组的全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，为进一步研究小基因组的特有生物学特征提供分子生物学基础。
分离自中国妇女宫颈癌和癌症样本的16、18和58型人类乳头状瘤病毒的全基因组分析
Whole-Genome Analysis of Human Papillomavirus Types 16, 18, and 58 Isolated from Cervical Precancer and Cancer Samples in Chinese Women
人乳头瘤病毒(HPV)类型16、18和58种是宫颈上皮内瘤(蛋白)和浸润性癌的前三种高危HPV类型。本研究通过HPV捕获技术与高通量测序技术相结合，评估HPV16、HPV18和HPV58的遗传变异。通过对HPV16、18和58的序列多样性和系统发育的研究，为今后研究病毒进化、流行病学、病原学和疫苗反应的差异提供了基础。
本研究主要结果如下：
1.分别在51个HPV16、7 HPV18和11个HPV58基因组中发现了295个、73个和148个变异。
2.HPV16 为主要的A变异系，A4亚系最常见， A1-3及A4亚系在宫颈上皮内瘤1或2/3型之间并没有显著的差异。
3.7个HPV18样品的主要亚系为A3/A4及A1, 11个HPV58样品中的主要变异亚系为A2，其次为A1及B2。
4.大多数的HPV16、18样本含有连续的基因缺失，被发现具有HPV整合。
5.在HPV16 E6和E7一些T细胞表位序列表现出了相当大的差异，表明它们在HPV相关肿瘤免疫治疗具有重要性。
结果展示：
Liu Y, Pan Y, Gao W, et al. Whole-Genome Analysis of Human Papillomavirus Types 16, 18, and 58 Isolated from Cervical Precancer and Cancer Samples in Chinese Women:[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):263.
