染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具。通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
组蛋白β三羟基丁酰化修饰调控基因表达
Metabolic Regulation of Gene Expression by Histone Lysine beta-Hydroxybutyrylation
组蛋白密码蕴含着基因序列和生物个体性状间的重要调控信息，它能动态地调节染色质的结构和功能从而将传统遗传密码的信息含量进行了大幅度的扩展。组蛋白修饰是表观遗传学的重要组成部分，它调控着众多基因的表达进程。组蛋白的修饰与多种疾病的发生、发展有重要的关系。
本研究主要结果如下：
1.运用高分辨率质谱技术鉴定了一种新的组蛋白修饰，β-羟基丁酸-来源的蛋白的修饰， 三羟基丁酰化修饰(Kbhb)。
2.在培养的细胞和活体小鼠中（长期禁食或链脲霉素诱导的糖尿病酮酸症），β-羟基丁酸水平上升可以显著诱导组蛋白Kbhb 修饰的发生。一共鉴定出44个组蛋白Kbhb修饰位点，与已知的组蛋白乙酰化数目相当。
3.利用 ChIP-seq和RNA-seq分析,揭示了组蛋白Kbhb 在基因的启动子区域富集，在饥饿过程中发生的H3K9bhb 水平的上升和饥饿相应代谢通路中的基因上调有关。
结论: 组蛋白三羟基丁酰化修饰代表了一种新的表观调控伴随代谢中的基因表达，提供了一个新的研究人类疾病机制的方向。
部分结果展示：
1）组蛋白β三羟基丁酰化在基因组水平上的分布。以小鼠的肝脏组织为研究材料，采用ChIP-seq 技术探究β三羟基丁酰化的位点在基因组水平上的分布情况，结果显示这种表观遗传修饰在众多基因的启动子区域有明显的富集。
图1. 三羟基丁酰化修饰(Kbhb)在基因组范围的定位
2）饥饿诱导组蛋白β三羟基丁酰化水平上的上升。将小鼠在饥饿状态下饲养48小后，取其肝脏为研究材料，开展 RNA-seq和ChIP-seq实验，结果显示饥饿能诱导众多基因的β三羟基丁酰化水平上升，进而激活一部分基因的表达或使一部分基因的表达水平上调。
图2. 饥饿诱导H3K9bhb上升和激活基因表达有关
Xie, Z., et al., Metabolic Regulation of Gene Expression by Histone Lysine beta-Hydroxybutyrylation. Mol Cell, 2016. 62(2): p. 194-206.
