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细菌基因组测序是指基于高通量二代或三代测序技术,获得细菌的全基因组序列后,利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释,可为研究细菌特有的生物学特征(致病机制,耐药机制,与宿主互作机制、共生机制及代谢机制等)提供分子生物学基础;结合比较基因组分析,可为研究细菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。细菌全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。
细菌全基因组测序可分为细菌基因组De novo测序及细菌基因组重测序两大类,根据研究目的及需求的不同,可进一步细分为以下产品:
DNA样品
菌体样品
猪链球菌ST1 及ST7在中国人病例中的优势地位,以及发现新序列型ST658
Predominance of Streptococcus suis ST1 and ST7 in human cases in China, and detection of a novel sequence type, ST658
猪链球菌是一种主要感染猪的动物传染病原细菌,目前已被发现也属于人类的致病菌。截止2005年最后一次感染人类的疫情爆发,近十年该菌的遗传多样性以及地理分布信息有待更新,目前中国已发现3种感染人类的菌株型(ST1, ST7 及ST377),本文对76株临床菌在基因组水平进行了相关分析。
本研究主要结果如下:
1.运用MLST分类方法发现序列型主要归类为ST1及ST7,并另外发现一株新序列型ST658。
2.通过菌株LSM102(ST658)全基因组测序结合已知的26个猪链球菌完成图参考序列,进行比较基因组分析,发现ST7中存在89Kb致病岛(89 K- PAI),可通过水平基因转移到ST658(73 K- PAI)。
3.基于物种进化分析,显示ST7, ST658及 ST1亲缘关系最近,ST658可能起源于ST1,并且菌株可在不同国家之间传播。
结果展示:
Yang Z, Dong X, Li Z, et al. Predominance of Streptococcus suis ST1 and ST7 in human cases in China, and detection of a novel sequence type, ST658[J]. Virulence, 2016:00-00.