主页 > 科技服务 > 微生物基因组测序 > 真菌基因组测序
真菌基因组测序是指基于高通量二代或三代测序技术，获得真菌的全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，可为研究真菌特有的生物学特征（致病机制，与宿主互作机制、代谢机制等）提供分子生物学基础；结合比较基因组分析，可为研究真菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。真菌全基因组测序已经成为真菌基因组研究不可或缺的重要工具。
真菌全基因组测序可分为真菌基因组De novo测序及真菌基因组重测序两大类，根据研究目的及需求的不同，可进一步细分为以下产品：
DNA样品
菌体样品
全基因组测序揭示花生茎腐病真菌齐整小核菌的致病性及毒力遗传结构
Draft whole genome sequence of groundnut stem rot fungus Athelia rolfsii revealing genetic architect of its pathogenicity and virulence
由于花生茎腐真菌齐整小核菌的侵染，导致花生这一重要油料作物产量损失25-80%。目前化学策略治理该病原菌的效果不佳，通过基因组测序揭示毒力和致病力相关基因可更利于了解病原菌与宿主的互作关系，以此为基础制定茎腐病的解决方案，对提高花生作物的产量具有重大意义。本研究基于高通量测序技术对齐整小核菌的基因组进行测序组装分析，在分子水平上辅助了解致病力与毒力。
本研究主要结果如下：
1.基因组大小为73M左右，包含8919个congtig。
2.通过注释分析发现16830个与杀菌剂抗性、毒力、致病性、潜在效应蛋白与致死相关的基因。
3.分泌蛋白组的分析显示CAZY基因代表1085种酶基因、糖苷水解酶、碳水化合物酯酶、碳水化合物酶、辅酶活性、糖基转移酶和多糖酶。
4.重复分析揭示11171个SSRs, LTR, GYPSY 和COPIA 元件。
5.通过与子囊菌其它基因组的比较分析预测出包括WD40, CYP450, Pkinase及 ABC 转座子保守区域家族，揭示出致病力与毒力的进化。
结果展示：
Iquebal M A, Tomar R S, Parakhia M V, et al. Draft whole genome sequence of groundnut stem rot fungus Athelia rolfsii revealing genetic architect of its pathogenicity and virulence.[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1)
