全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行全基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。基于全基因组重测序的人类遗传学和群体进化学的研究，能够快速的筛选出基因组范围内的遗传变异，实现基因型多样性分析、遗传进化分析以及致病和易感性基因等的筛选。随着二代测序技术的发展与普及，全基因组重测序已成为人类遗传学、转化医学和群体进化领域最为迅速而有效的方法之一。
全基因组检测自闭症新生突变的特征
Genome-wide characteristics of de novo mutations in autism
自闭症谱系障碍ASD是一种社交障碍的神经性行为，表现为兴趣淡漠，行为重复，存在一定的遗传因素。ASD表现出临床和遗传的异质性，男性多于女性。新生突变(DNMs)在ASD中的有着重要的作用，但是以往的分析只集中在~ 1.5% 的编码基因上。
本研究主要结果如下：
1.样本选自200个自闭症儿童三口之家，一共600人。采用全基因组测序，分析了生殖细胞和体细胞的DNMs。研究发现绝大种系突变（75.6%）来自父亲，突变率与父亲年龄增长成正相关(P = 4.2 × 10 − 10)。
2.但是绝大部分的簇突变（20kb以内）来自母亲(P = 7.7 × 10 − 13)，并且这些簇突变与新生突变的CNVs相邻(P = 2.4 × 10 − 24)。
3.研究还发现，在非编码区（15.6%）(P = 4.3 × 10 − 3)和遗传非编码区（22.5%）(P = 7.0 × 10 − 5)，聚集了大量有破坏性的突变(P = 8.0 × 10 − 9; odds ratio = 1.84)。这些非编码区的突变基因虽然不会被翻译，但是参与调控外显子跳跃，脱氧核糖酶I高敏感区域。
4.利用芯片和outlier detection test，也在两例ASD中检测到非正常的甲基化分布。这两例个体在ASD-风险和表观基因DNMT3A和ADNP上携带有各自特异的DNMs。
结论: 描述了一种全新的基因组范围的DNMs，并提示出非编码区变异对ASD的重要作用。
部分结果展示：
对200个自闭症儿童三口之家样本进行生殖细胞和体细胞全基因组测序。生殖细胞中的新生SNVs和新生indels来源于父亲的显著高于母亲来源的。但是，生殖细胞中的新生突变簇（20 kb以内）母系来源要多于父系来源的。而体细胞突变则是两种来源相当。新生SNVs来自于父亲的频率和父亲的年龄正相关，但是和母亲的年龄无关。无论是个体内还是个体间新生突变间的距离都比对照要短。突变率在新生CNVs侧翼100kb距离之内也比对照更高。
图1. ASD中新生突变的来源
Yuen, R.K., et al., Genome-wide characteristics of de novo mutations in autism. NPJ Genom Med, 2016. 1: p. 160271-1602710.
