长链非编码 RNAs （long non-coding RNAs，lncRNAs）是一类长度大于 200 nt 且不表现出蛋白质编码潜能的 RNAs，参与了 X 染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，涉及到表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等多个层面，是非编码 RNAs(non-coding RNAs，ncRNAs)的重要组成部分。使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析，一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息，为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。
风险相关的长非编码RNA NBAT-1通过调节细胞增殖和神经元分化来控制神经母细胞瘤的发生
The risk-associated long noncoding RNA NBAT-1 controls neuroblastoma progression by regulating cell proliferation and neuronal differentiation
神经母细胞瘤是交感神经系统的胚胎性肿瘤，常发生与儿童期颅外。 已报道lncRNA发挥不同的调控作用参与多种细胞过程。
本研究主要结果如下：
1.通过对低和高危神经母细胞瘤的转录组进行测序，检测到差异表达的已注释和未注释的长非编码RNA（lncRNA）。
2.鉴定了一种lncRNA，神经母细胞瘤相关转录物-1（NBAT-1），可作为预测神经母细胞瘤临床结果的生物标志物。
3.CpG甲基化和染色体6p22上高危神经母细胞瘤相关SNP导致NBAT-1差异表达。
4.NBAT-1缺失通过激活神经元特异性转录因子NRSF / REST影响神经元分化。 缺失NBAT-1可通过提高增殖能留和抑制神经元前体的分化导致侵袭性神经母细胞瘤。
部分结果展示：
1）鉴定出不同神经母细胞瘤亚型特异的转录本。对15例神经母细胞瘤进行转录本测序，其中3个是低风险亚型，6个是高风险11q亚型，6个是高风险MNA亚型。聚类分析检测到三个亚型之间有明显的表达差异。发现了8个低风险特异，25个11q特异，5个MNA特异表达的编码基因。
图1. 三种神经母细胞瘤亚型的转录差异。(A-B) 不同亚型之间的表达差异。 (C-D) 测序样本中不同亚型间的差异转录本统计
2）未注释的lncRNA的表达谱可用于区分高风险和低风险的神经母细胞瘤。在高低风险的肿瘤中鉴定出24个差异表达的未注释的lncRNA。在23个高低风险的原发肿瘤中验证了它们的差异表达。差异显示杂交鉴定出在MNA亚型中高表达，在低风险和11q亚型中低表达的基因MYCN和lncRNA CUFF.121734。
图2. (A)低风险和高风险肿瘤中未注释转录本的表达差异。(B) qRT-PCR 验证四个高低风险中差异表达的转录本
(C) 差异显示杂交鉴定出2号染色体上的MYCN基因，lncRNA CUFF.121734和MYCN共扩增。(D) 三种亚型中MYCN和 CUFF.121734的表达差异
Pandey, G.K., et al., The risk-associated long noncoding RNA NBAT-1 controls neuroblastoma progression by regulating cell proliferation and neuronal differentiation. Cancer Cell, 2014. 26(5): p. 722-37.
