肿瘤发生和发展是一个十分复杂的问题，是外界致癌因素和机体的内在因素相互作用的结果, 涉及多基因、多组学的相互调控。另外，肿瘤生长速度快、变异能力强，经过多次分裂增殖，其子细胞呈现出不同的遗传变异，因此同一种肿瘤在不同的个体身上可表现出不一样的治疗效果及预后，甚至同一个体身上的肿瘤细胞也存在不同的特性和差异，使得肿瘤的研究和治疗更加复杂。从基因组学、转录组学、表观组学以及蛋白组学等多层面研究肿瘤的发生、复发、转移、耐药性，对揭示肿瘤发生发展的分子机制，从而为有效预防肿瘤发生、开发肿瘤精准诊断标记、开发肿瘤靶向或免疫治疗药物提供理论指导。
多组学结合分析成人T淋巴细胞白血病/淋巴瘤
Integrated molecular analysis of adult T cell leukemia/lymphoma
ATL（adult T cell leukemia/lymphoma）是一种T淋巴细胞白血病，由逆转录病毒诱导的癌症，目前其发病机理还不太清楚。HTLV-1病毒在婴儿时期感染，潜伏期可长达30-50年。日本西南部，加勒比海，中非，有10-20million的人感染HTLV-1。对于ATL的治病机理，病毒产物如Tax，HBZ起着关键的作用，它们的致瘤机制已经被广泛研究。在肿瘤发生前长时间的潜伏期暗示着潜在的其它遗传机制或者表观事件。目前已知少数的关键基因有TP53 , FAS, CCR4, NOTCH1, ZEB1和CDKN2A。
利用全基因组测序、全外显子测序，目标区域测序，转录组测序，SNP-array，甲基化分析，共检测了426个ATL病例。利用生物信息的方法分析，统计了不同类别的基因组变异。和HTLV-1序列整合的基因富集在T细胞受体-NF-KB信号通路，T细胞运输和其它T细胞相关通路，以及免疫监视的相关通路。另外还存在一些其它值得关注的特点，比如一些主要基因的突变激活和基因融合，以及一些高频的基因内的删除。
结论：鉴定出在该通路中关键的基因和其中一些具有重要生物功能的基因。提供了诊断治疗肿瘤的一些新的方向。
1. 对48个样本进行全基因组重侧，81个样本进行全外显子测序，在全基因组范围内检测到广泛分布的突变位点，CNVs，基因融合，易断位点等基因组变异。在48个 ATL样本中鉴定出2857个结构变异，不同于其它血液病，ATLs 的结构变异更普遍，反映了基因组的不稳定性。通过全基因组重测序可以将HTLV-1 的整合信息精确定位在ATL基因组中。
图1. Circos plot展示其ATL016病例中体细胞变异和HTLV-1整合信息。以不同的颜色展示体细胞突变，CNVs，和结构变异等不同的变异类型。
2. 丢失功能的突变更多的伴随着拷贝数的减少或者单亲二体性(UPD)减少，受影响的基因双等位基因失活。相反，获得功能的突变常发生拷贝数的增加和单亲二体性增加，突变的等位基因显著扩增。
图2. 370个样本中43个常见易变基因的体细胞突变和CNVs
3. 一些在ATL中的变异基因是由于Tax整合引起的。Tax 影响激活的分子包含TCR–NF-κB 通路的分子，影响抑制的分子包括p53和p16肿瘤抑制因子。
图3. 维恩图描述体细胞变异基因和病毒影响变异基因之间的交集。
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