病原菌即病原微生物(pathogenic bacterium),是一种引起疾病的微生物,指能入侵宿主引起感染的微生物,有细菌、真菌、病毒等。病原菌的致病物质可分为毒素和侵袭力两大类;毒素对宿主有毒,能直接破坏机体的结构和功能;侵袭力本身无毒性,但能突破宿主机体的生理防御屏障,并可在机体内生存下来、繁殖和扩散。
猪链球菌ST1 及ST7在中国人病例中的优势地位,以及发现新序列型ST658
Predominance of Streptococcus suis ST1 and ST7 in human cases in China, and detection of a novel sequence type, ST658
猪链球菌是一种主要感染猪的动物传染病原细菌,目前已被发现也属于人类的致病菌。截止2005年最后一次感染人类的疫情爆发,近十年该菌的遗传多样性以及地理分布信息有待更新。中国已发现3种感染人类的菌株型(ST1, ST7 及ST377),本文对76株临床菌,运用MLST分类方法发现序列型主要归类为ST1及ST7,并另外发现一株新序列型ST658。通过菌株LSM102(ST658)全基因组测序结合已知的26个猪链球菌完成图参考序列,进行比较基因组分析,发现ST7中存在89Kb致病岛(89 K- PAI),可通过水平基因转移到ST658(73 K- PAI)。基于物种进化分析,显示ST7, ST658及 ST1亲缘关系最近,ST658可能起源于ST1,并且菌株可在不同国家之间传播。
结论:
1.通过MLST分析,发现在76株菌中,主要为序列型ST1 (n = 32, 42.1%) and ST7 (n = 43,56.6%);
2.通过全基因测序分析,获的菌株LSM102(ST658)的基因组完成图,基因组大小为2,067,932 bp, GC含量41.23%,发现15个与免疫逃逸及系统感染相关的毒力因子,并具有1个四环素抗性基因(tetM);
3.通过毒理实验研究,发现LSM102(ST658)毒性很强,毒力高于国际参考菌株P1/7;
4.通过比较基因组分析,发现ST7菌株都存在89Kb致病岛(89 K- PAI),而ST658则存在73kb的PAI,在传播过程中产生了序列多样性缺失3个gap;
5.通过基于27株菌的885个核心基因(core genes)的63,061 个SNPs构建系统发育树,发现ST7, ST658及 ST1一并聚类到枝系B,并且来源于中国及加拿大的菌株可以聚类到一起属于同一起源。haracterization of a Pectobacterium carotovorum subsp.odoriferum strain causing soft rot desease of celery (Apium graveolens L.);
图1. 26株菌的基因组比较图。
图2. LSM102菌株中73Kb致病岛的基因结构图。
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